一、概念區別：
福建自考本科是高等教育自學考試本科的簡稱，考試成績合格后由主考學校和高等教育自學考試委員會聯合頒發大學畢業證書，國家承認學歷，學信網可查，符合條件者由主考大學授予學士學位。
函授其實是成人高考的一種學習方式，其通過國家統一的成人高考被高校錄取，發放錄取通知書，屬國民教育系列，國家承認學歷，參加全國成人高考招生統一考試，各省、自治區統一組織錄取。
二、含金量區別：
雖然成考函授和福建自考的本科證書都是國家承認的學歷，但是在社會上的認可度，福建自考認可度更高，并且福建自考本科學歷在國際上獲得了40多個國家的認可。
三、文憑區別：
成人高考函授本科的文憑是各大學的成人教育學院發的，你考上了哪個大學的成教，畢業時就會蓋有哪個大學的章。而福建自考本科的文憑上蓋有兩個章，一個是主考院校的章，另一個是當地福建自考委的章，不過福建自考本科與成考函授本科達到條件者國家均可授予學士學位。
四、學習方式區別：
函授與福建自考多數都是自學，但也有一定的差異。函授是成人高考的一種學習方式，需要通過成人高考被錄取后才可以。每學年安排3次左右為期10天或半個月的集中面授。而福建自考是通過自學學習大學課程，無需參加入學考試。
五、畢業年限區別：
福建自考本科，如果考試順利的話，能在一年半左右結業發學歷證書。函授本科是最少要兩年半才能畢業，函授本科相對來講時間要長一點。結合這兩者的區別，考生可以選擇適合自己的形式。
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